Вегетативная нервная система, обеспечивающая все внутреннее хозяйство организма, функционально тесно связана с центральной нервной системой, в том числе и с корой головного мозга. Связь внутренних органов с корой головного мозга двусторонняя: поток импульсов идет не только от коры к внутренним органам, но и от внутренних органов, от их механо-, баро- и хеморецепторов к коре. Нет ни одного внутреннего органа, связь которого с корой мозга не могла бы быть продемонстрирована методом условных рефлексов. Можно предполагать, что осуществление этих связей с корой идет через глубинные структуры мозга, ретикулярную формацию и подкорковые ядра. Исследования в данной области имеют практическое значение, открывая возможность активного терапевтического воздействия на внутренние органы путем перестройки условных рефлексов.
Физиологической основой деятельности вегетативной нервной системы является рефлекс. Их отмечается здесь бесконечное множество, и в целом это саморегулирующиеся устройства. Механизм некоторых из них может быть чрезвычайно простым и расширяющим установленные представления о рефлекторной дуге. Это псевдорефлексы, протекающие в пределах одного аксона без участия какой бы то ни было нервной клетки. Кроме того, узловой характер вегетативной нервной системы обеспечивает замыкание рефлекторных дуг в узлах пограничного симпатического ствола, а возможно и в других периферических ганглиях.
Важной физиологической особенностью вегетативной нервной системы является ее способность реагировать не только на чисто нервные, но и в значительной степени на химические и гуморальные раздражения (намного шире и больше, чем это имеет место вообще в нервной системе). Так, химическое раздражение адреналином вызывает физиологический эффект, полностью совпадающий с эффектом, возникающим при раздражении симпатического нерва. Пилокарпин возбуждает периферические окончания парасимпатических нервов, атропин парализует их. Местное применение кокаина возбуждает периферические рецепторы симпатических нервов, то же самое дает применение эфедрина и фенамина. Морфин вызывает торможение деятельности гипоталамических центров.
Эти факты получили объяснение в учении о медиаторах, то есть химических веществах, с участием которых осуществляется передача возбуждения с нервного волокна на рабочий аппарат. Таким медиатором в парасимпатической нервной системе является широко распространенный в организме ацетилхолин, а в симпатической нервной системе — адреналин. Огромное количество связей в симпатической нервной системе и ее богатая периартериальная сеть по всем кровеносным сосудам обусловливают диффузность и распространенность вегетативных реакций. Именно благодаря этому поражение в одной части тела может привести к вегетативным расстройствам в другой части, непосредственно не связанной с очагом поражения. Это явление получило название отражения (реперкуссии), оно занимает видное место в патологических процессах в организме человека.