У гетеротрофных бактерий существует два направления использования углерода: часть его входит в состав конечных продуктов катаболизма, а часть — в строительные блоки биосинтетических путей. У автотрофных микроорганизмов углерод включается только в реакции биосинтеза, образуя различные интермедиаты в результате тех же последовательностей реакций, которые у гетеротрофов приводят к образованию АТФ, но только в обратном направлении. Подтверждение этого принципа можно найти в метаболических путях различных автотрофных микроорганизмов.
• Облигатные хемо- и фотоавтотрофы используют ряд реакций ЦТК. Поскольку эти бактерии неспособны окислять органические соединения, ЦТК у них не играет никакой роли в образовании АТФ. Однако они синтезируют все ферменты ЦТК, кроме Ѓ-кетоглутарат дегидрогеназы. Отсутствие этого фермента нарушает цикличность системы, но не влияет на её биосинтетические функции — образование Ѓ-кетоглутаровой, янтарной и щавелевоуксусной кислот.
• У кишечной палочки, растущей при избытке сахаров за счёт брожения, ЦТК функционирует так же, как у автотрофов, но цикл нарушен между Ѓ-кетоглутаровой и янтарной кислотами. При аэробном же окислении органических соединений индуцируется синтез Ѓ-кетоглутарат дегидрогеназы, и цикл функционирует также и в качестве АТФ-образующей системы. Таким образом, при аэробном росте цикл выполняет одновременно дыхательную и биосинтетическую функции.