АкушерствоАнатомияАнестезиологияВакцинопрофилактикаВалеологияВетеринарияГигиенаЗаболеванияИммунологияКардиологияНеврологияНефрологияОнкологияОториноларингологияОфтальмологияПаразитологияПедиатрияПервая помощьПсихиатрияПульмонологияРеанимацияРевматологияСтоматологияТерапияТоксикологияТравматологияУрологияФармакологияФармацевтикаФизиотерапияФтизиатрияХирургияЭндокринологияЭпидемиология

Введение. Черепно-лицевой комплекс изначально модулируется своевременной эмбриональной экспрессией генов и молекулярными взаимодействиями

Черепно-лицевой комплекс изначально модулируется своевременной эмбриональной экспрессией генов и молекулярными взаимодействиями, опосредованными сложными путями [1]. По мере роста человека гормоны и биомеханические факторы также влияют на многие части лица [2], [3]. Неспособность систематически обобщить изменчивость лица препятствует раскрытию факторов и коррелятов формы лица. В отличие от геномных технологий, системное и комплексное фенотипирование развивается вовсе не так быстро. Это особенно актуально в контексте многосторонних особенностей, характерных, например, для человеческого лица. В типичном полногеномном поиске ассоциации ( genome-wide association studies, GWAS) фенотипы обычно рассматриваются, как однофакторные переменные, что, по своей сути, оставляет за гранью рассмотрения многофакторные признаки, которые по определению не могут быть выражены с помощью простых переменных. Текущее состояние генетических ассоциативных исследований черт лица ограничивается описанием морфологии лица [4] - [7]. Эти анализы начинались с разбросанного набора анатомических ориентиров (они определяются как "точки, чье соответствие определенному объекту одинаково как в одной, так и в разных популяциях"), которые упускают из вида характерные особенности формы лица. Далее получают набор обычных морфометрических показателей, такие как расстояния и углы, что резко упрощает форму лица, либо - если применять метод главных компонент (principal components analysis, PCA) – набор главных компонент (PC), полученных из анализа пространственной формы, которая создается с помощью техники наложения, где каждая главная компонента, как предполагается, представляет собой определенную морфологическую черту. Здесь мы опишем новый способ, который облегчает объединение всех PC в единую скалярную переменную, настроенную по отношению к соответствующим независимым переменным, включая пол, происхождение генома и гены. Наш метод измерения и моделирования изменчивости формы лица (текст S1, рис S1, S2, S3) сочетает плотное размещение квази-ориентиров на 3D изображении [8], [9], анализ главных компонент (PCA), регрессию частичных наименьших квадратов (partial least squares regression, PLSR, [10]), проведенную с помощью подхода, который мы называем бутстрэппируемым моделированием с подстановкой зависимых переменных (bootstrapped response-based imputation modeling BRIM).

Учитывая многофакторную природу лица и большое количество генов, вероятно, влияющих на изменчивость черт лица, мы решили сосредоточить внимание на популяционную изменчивость с учетом генетического смешения с использованием добровольцев из трех популяций со смешанным западноафриканским/европейским происхождением. Информативные маркеры этно-популяционного происхождения (ancestry informative markers, AIM) могут быть использованы для определения по ДНК индивидуальной геномной родословной [11], чтобы затем оценить популяционные различия и картировать гены для генетически обусловленных признаков, отличающихся в разных популяциях. Неслучайное спаривание и непрерывный поток генов в смешанных популяциях приводит к расслоению примесей или изменчивости доли компонент родословной[12], [13]. Процесс смешения также приводит к неравновесному сцеплению смешанных генов или неслучайным ассоциациям между AIM и признаками, которые различаются среди родительских популяций. Эти характеристики делают смешанные популяции очень подходящими для генетических исследований таких признаков [14] - [16]. При одновременном моделировании изменчивости формы лица в зависимости от пола и происхождения генома наряду с генетическими маркерами черепно-лицевых генов-кандидатов, эффекты пола и родословной могут быть убраны из модели, тем самым обеспечивая возможность определения эффектов отдельных генов.

Дата добавления: 2014-12-11 | Просмотры: 457 | Нарушение авторских прав