Соляна кислота секретується парієтальними клітинами залоз шлунка, в яких дуже активний фермент карбоангідраза (КА), який каталізує утворення вугільної кислоти H2CO3 із води та вуглекислого газу (H2O + CO2), яка далі розщеплюється на йони водню та гідрокарбонату (H+ та HCO3-).
Гідрокарбонат через базолатеральні мембрани парієтальних клітин поступає в кров, де він входить до складу буферних систем крові, а замість нього з крові в клітину надходять йони Cl- (по градієнту концентрації). Йони H+ через апікальну мембрану цих же клітин, в якій знаходиться H+/K+-насос (АТФ-залежний процес), виходить в порожнину залози і далі в шлунок, а замість нього в клітину надходить K+. Шляхом активного транспорту через апікальну мембрану парієтальних клітин в порожнину шлунка виводяться йони Cl-, які надійшли з крові. Внаслідок всіх цих процесів в порожнину шлунка надходять йони H+ та Cl-, які і утворюють соляну кислоту.