Хламидии поражают преимущественно клетки цилиндрического эпителия мочеполового тракта, дыхательных путей, коньюктивы. Для хламидиоза характерна стертость клинической картины. Среди наиболее часто возникающих симптомов можно назвать следующие:
 цервицит: специфические слизисто-гнойные выделения из половых путей, без резкого запаха, отечность, гиперемированность шейки матки;
 уретрит: дизурия, зуд, скудные выделения;
 сальпингит: боли внизу живота, усиление белей перед менструациями, бесплодие вследствие непроходимости труб;
 хронический простатит: боли в промежности, частые позывы и болезненность при мочеиспускании;
 вульвовестибуловагинит у девочек препубертатного возраста: частые мочеиспускания, зуд в половых путях, выделения;
 хронические рецидивирующие заболевания верхних отделов дыхательной системы: частые простудные заболевания с осложнениями и длительным кашлем;
 пневмония у новорожденных: хроническое течение без лихорадки с приступами коклюшеподобного кашля, одышкой и цианозом, развивающееся на 4-10 неделе после родов;
 коньюктивит: у взрослых хроническая катаральная или фолликулярная форма с обострением 3-4 раза в год, проходящим часто без всякого лечения; у новорожденных: возникает на 5-10 день после родов с острым или подострым началом в папиллярной форме с гнойным отделяемым без поражения роговицы;
 синдром Рейтера: характеризуется триадой симптомов - артрит, уретрит, коньктивит; развивается у мужчин в возрасте 16-35 лет; имеется наследственная предрасположенность;
 проктит - слизистые выделения из прямой кишки, аноректальные боли;
 эпидидимит - воспаление придатков яичек - набухание яичек, боли в мошонке, в случае острой инфекции - лихорадка.