В поисках ответа на вопрос о происхождении вирусов выдвинуты три гипотезы. Согласно одной из них вирусы могли явиться первичными формами жизни, возникшими в результате химических реакций с использованием энергии ультрафиолетовых лучей или электроразрядов и давшими начало клеточной организации жизни. С этой прогрессивной гипотезой увязываются две регрессивные. По мнению А. Львова, вирусы, которые индуцировали образование клеток в ходе регрессирующей биохимической эволюции, при каком-то акте мутации могли отщепиться от них, возвратив свою первоначальную независимость и способность к репродукции при наличии ферментов-катализаторов. Вторая регрессивная теория предполагает, что вирусы произошли от свободноживущих микробов, нуждавшихся в факторах роста и ставших вследствие этого внутриклеточными паразитами, а затем поэтапно утратившими энергообменные системы. Против регрессивной гипотезы происхождения вирусов из паразитарных клеток говорят многие веские аргументы, прежде всего их неклеточная организация, способ размножения, отсутствие в клетках структур, подобных вирусным капсидам и промежуточных форм превращения клеток-паразитов в вирусы. Наибольшее число сторонников имеет гипотеза, согласно которой вирусы произошли от содержащих нуклеиновые кислоты структур и органелл клеток, ставших автономными самопроизводящимися элементами. Так, ее приверженцы полагают, что источником ДНК-вирусов могли явиться гены митохондрий и хлоропластов, а РНК-вирусов - рибосомы или же иРНК клеток и ДНК-содержащих вирусов. При этом не затрагиваются источники получения генного материала одноце-почечных ДНК-вирусов и двухцепочечных РНК-вирусов, а также механизм репликации вирионной РНК, которых не имеет ни одна клетка.
Таким образом, вопрос о происхождении вирусов остается дискуссионным и лишь только то, что произошли они от разных предков и, согласно самому факту существования ДНК- и РНК-вирусов, эволюционируют двумя путями, ни у кого не вызывает сомнения.
В заключение отметим, что продолжающиеся дискуссии вокруг альтернативных представлений о природе и происхождении вирусов, внесшие много важного в их познание, ничего общего не имеют с бесплодной философской полемикой между материалистами и идеалистами относительно происхождения жизни на Земле или борьбой мнений некоторых вирусологов и микробиологов в отношении того, считать вирусологию самостоятельной академической дисциплиной или же частью микробиологии.