Гипофиз находится внутри защитного костного «седла», называемого «турецким седлом». Турецкое седло, или, как его называют доктора, sella, четко видно лишь на рентгеновском снимке черепа; увеличение размера седла—признак каких-то нарушений в гипофизе, требующий проведения анализов.
Железа разделена на две половинки, каждая из которых действует совершенно независимо от другой. Задняя доля соединена с гипоталамусом гипофизарной ножкой. Эта половина участвует в производстве двух главных гормонов, которые в действительности вырабатываются гипоталамусом. Отсюда они двигаются по специализированным нервным клеткам в заднюю долю гипофиза и выделяются только тогда, когда гипоталамус получает соответствующий сигнал о состоянии организма. Поэтому задняя доля гипофиза (нейрогипофиз) и гипоталамус представляют собой самостоятельный блок. Передняя доля гипофиза (аденогипофиз) вырабатывает гормоны, которые возбуждают другие важные железы организма, а также один-два важных гормона, действующих непосредственно на ткани. Хотя эта доля не имеет прямой связи с гипоталамусом, все же она очень тесно с ним связана образом своего действия. Поскольку передняя доля гипофиза не имеет прямых нервных связей с гипоталамусом, она зависит от серии определенных ускоряющих и тормозящих факторов для контроля над выделением гормона. Некоторые из этих факторов сами являются специализированными гормонами, которые вырабатываются в гипоталамусе и действуют на гипофизе на расстоянии нескольких миллиметров. Они переносятся в специальной группе кровеносных сосудов, называемой гипофизной воротной системой. Эта система находится между гипоталамусом и гипофизом. Хотя многие команды для выделения гормонов исходят из гипоталамуса, передняя доля гипофиза сама имеет достаточно независимый контроль над выделением гормонов. Выделение некоторых секретов тормозится веществами, циркулирующими в крови. Примером этого может служить гормон ТТГ (тиреотропный гормон), который стимулирует щитовидную железу на шее вырабатывать ее гормоны. Выделение ТТГ гипофизом тормозится, когда в крови оказывается высокое содержание гормона щитовидной железы. Этот важный принцип контроля за многими гормонами гипофиза называется «негативной обратной связью». Он означает, что уровень гормона, выделенного в железах, отдаленных от гипофиза (но зависимых от него), никогда не сможет подняться слишком высоко, так как негативная обратная связь в гипофизе перекроет выделение стимулирующих гормонов.