Резервуаром и источником инфекции является только человек – больной острой и хронической дизентерией. Большую эпидемиологическую опасность представляют больные легкими и стертыми формами острой дизентерии. Механизм передачи инфекции – фекально-оральный. При этом большое значение имеют пищевой и водный пути, а также несоблюдение правил личной гигиены. Определенную роль в передаче инфекции играют мухи. Дизентерия широко распространена во многих странах в виде спорадических случаев и эпидемических вспышек. Поражаются все возрастные группы населения, но чаще всего болеют дети в возрасте от 1 до 2 лет. Дизентерия обладает выраженной сезонностью, пик заболеваемости приходится на июль-август. Этиологическая структура при дизентерии непрерывно изменяется.
С начала XX века отмечается закономерная смена возбудителей заболевания. Если до середины 1930-х годов наибольший вес имела дизентерия Григорьева-Шига (50–80%), то с 1940-х годов преобладающей стала дизентерия Флекснера, которая в Европе составляла 60–80%. С 1960-х годов в Европе отмечается постепенное увеличение частоты дизентерии Зонне. В последнее время вид Григорьева-Шига почти полностью исчез во всех странах. Однако совсем недавно в некоторых странах Африки и Латинской Америки он стал выделяться все чаще. Возможен занос шигелл Григорьева-Шига и в нашу страну.