Сальмонеллез может встречаться как в виде отдельных случаев, так и в виде вспышек. В настоящее время заболеваемость им остается относительно высокой в течение всего года с некоторым подъемом в теплое время года. Источником инфекции могут быть люди и животные, причем роль последних в эпидемиологии является основной. Сальмонеллез у них встречается в формах клинически выраженного заболевания и бактерионосительства. Будучи внешне здоровыми, животные могут выделять возбудителей с мочой, калом, молоком, носовой слизью или слюной. Наибольшую эпидемиологическую опасность представляет инфицирование крупного рогатого скота, свиней, овец, кошек, грызунов (мышей и крыс). Сальмонеллы обнаруживаются у многих видов диких животных: лис, бобров, волков, песцов, медведей, тюленей, обезьян. Значительное место в эпидемиологии заболевания занимают птицы, особенно водоплавающие. Сальмонеллы обнаруживают не только в мясе и внутренних органах животных и птиц, но и в яйцах.
Факторами передачи инфекции являются различные пищевые продукты (мясо животных, рыб, лягушек, устриц, крабов, яйца и яичные продукты, молоко и молочные продукты, блюда из овощей). В качестве прямого фактора передачи нередко выступает вода. Описаны случаи воздушно-капельного заражения в детских коллективах. Возможно также заражение людей непосредственно от больных животных при уходе за ними. Источниками сальмонеллеза могут быть больные люди или бактериовыделители. Случаи заболевания отмечаются в течение всего года, но чаще в летние месяцы, что можно объяснить ухудшением условий хранения пищевых продуктов.