Основной резервуар возбудителя ботулизма – теплокровные животные, реже – холоднокровные рыбы, моллюски и ракообразные, в кишечнике которых накапливаются Cl. botulinum, выделяющиеся с испражнениями во внешнюю среду, где они переходят в споровое состояние. Местом их постоянного обитания является почва, откуда они попадают на пищевые продукты, а с ними – в кишечник человека, животных, птиц и рыб. Процесс размножения и токсинообразования у палочки ботулизма достигает своего максимума только в трупном материале, иными словами, «источником инфекции» при ботулизме является труп. В настоящее время признается возможность размножения возбудителя и токсинообразования в окружающей среде (придонный ил стоячих или слабопроточных мелководных водоемов, силосные ямы) при наличии анаэробных условий и соответствующей температуры. С пищевыми продуктами в кишечник человека и животных проникают не вегетативные, а споровые формы возбудителя ботулизма.
Чаще всего такими продуктами питания являются грибы, овощи, рыба, мясо, подвергавшиеся домашнему консервированию. Редко наблюдается раневой ботулизм и ботулизм детей грудного возраста. Токсин хорошо всасывается со слизистой оболочки не только желудочно-кишечного тракта, но и глаз и верхних дыхательных путей, что представляет большую опасность в случае использования аэрозоля токсина в качестве бактериологического оружия. Больной ботулизмом не представляет опасности для окружающих. В связи с тем что доза токсина, вызывающая болезнь, настолько мала, что не вызывает реакции иммунной системы, антитоксический иммунитет не вырабатывается.