Инкубационный период 1-7 (чаще 2-3) дней. По клиническому течению дизентерия подразделяется на острую (длится от нескольких дней до 3 месяцев) и хроническую (свыше 3 месяцев). Острая дизентерия может протекать в легкой, среднетяжелой, тяжелой, очень тяжелой, стертой форме.
Чаще заболевание протекает в острой форме и на современном этапе характеризуется относительно легким течением. Наиболее тяжело протекает дизентерия, вызванная шигеллами Григорьева-Шига; относительно тяжело - дизентерия Флекснера и Ньюкестла, наиболее легко - дизентерия Зонне.
Заболевание начинается остро, внезапно, с болей внизу живота, частого жидкого стула, иногда - рвоты. Стул от 3-5 до 25 раз в сутки с примесью слизи, иногда крови. Температура в зависимости от течения заболевания может быть субфебрильной, высокой (38-40°С) или нормальной.
В разгар заболевания стул может терять каловый характер и иметь вид ректального плевка (скудное количество слизи с прожилками крови), сопровождаясь при этом болезненными тенезмами (тянущие боли в области прямой кишки) и ложными позывами к дефекации.
Очень рано поражается нервная система, что проявляется в слабости, головной боли, апатии, расстройстве сна.
При средне-тяжелом и тяжелом течении острой дизентерии страдает сердечно-сосудистая система: у больных отмечается тахикардия (частый пульс), падение артериального давления, одышка, цианоз.