Молекулы Ig, несмотря на их видимое разнообразие, имеют универсальное строение.
1. две тяжелые цепи
2. две легкие.
Обозначают их как Н- (от англ. heavy — тяжелый) и L- (от англ. light — легкий) цепи.
Тяжелые и легкие цепи связаны между собой попарно дисульфидными связями (-S-S-).
Между тяжелыми цепями также есть дисульфидная связь. Это так называемый «шарнирный» участок. Такой тип межпептидного соединения придает структуре молекулы динамичность — он позволяет легко менять конформацию в зависимости от окружающих. Шарнирный участок ответствен за взаимодействие с первым компонентом комплемента (С1) и активацию его по классическому пути.
Легкие цепи бывают 2 типов: (каппа и лямбда).
Тяжелых цепей известно 5 типов: (альфа, гамма, мю, эпсилон и дельта), — которые имеют также и внутреннее подразделение.
Домены различаются по постоянству аминокислотного состава. Выделяют С-домены (от англ. constant — постоянный), с неизменной, или постоянной, структурой полипептидной цепи, и V-домены ( от англ. variable— изменчивый), с переменной структурой.
В составе легкой цепи есть по одному V- и С-домену, а в тяжелой — один V- и 3—4 С-домена.
Вариабельные домены легкой и тяжелой цепи совместно образуют участок, который специфически связывается с антигеном. Это антигенсвязывающий центр молекулы Ig или паратоп – Fab-фрагмент.
Fc (от англ. «фрагмент кристаллизующийся»)- фрагмент. Он ответствен за связывание с рецепторами на мембране клеток макроорганизма (Fc-рецепторы) и некоторыми микробными суперантигенами (например, белком А стафилококка).
Помимо вышеописанных, в структуре молекул Ig обнаруживают дополнительные полипептидные цепи. Так, полимерные молекулы IgM и IgA содержат J-пептид (от англ. join — соединяю). Он объединяет отдельные мономеры в единое макромолекулярное образование и обеспечивает превращение полимерного Ig в секреторную форму.
Молекулы секреторных Ig в отличие от сывороточных обладают особым S-пептидом (от англ. secret — секрет). Это так называемый секреторный компонент. Секреторный компонент — продукт деградации рецептора эпителиальной клетки к J-пептиду. Он обеспечивает перенос молекулы Ig через эпителиальную клетку в просвет органа (трансцитоз) и предохраняет ее в секрете слизистых от ферментативного расщепления.