Возбудители этого заболевания отличаются у детей разных возрастных групп. Различны они и у детей с измененным иммунитетом, ослабленных пациентов и находящихся на стационарном лечении. Подавляющее большинство внебольничных («домашних», «уличных») пневмоний - результат активации эндогенной (собственной) бактериальной флоры носоглотки, хотя возможно и экзогенное инфицирование. При острой респираторной вирусной инфекции (ОРВИ), охлаждении или действии других стрессорных факторов эта флора может «активироваться», приводя к развитию пневмонии. Наиболее частыми возбудителями пневмоний у детей в возрасте от 6 месяцев до 5 лет, которые заболели в домашней обстановке, являются пневмококк и гемофильная палочка. В эпидемические сезоны (август-ноябрь) возрастает значение микоплазмы, как возбудителя пневмонии у детей раннего дошкольного и школьного возраста. У подростков следует учитывать возможную роль хламидия пневмониа как причинного фактора заболевания.
Вирусы имеют значение в развитии пневмоний преимущественно у детей первого года жизни. У ослабленных детей со срыгиваниями и аспирацией желудочного содержимого, с муковисцидозом чаще причиной пневмонии является кишечная палочка, золотистый стафилококк, реже - Moraxella (Branchamella) catharalis. Пневмонии, вызванные микроорганизмом легионеллой у детей встречаются нечасто. Следует иметь в виду и формы, вызванные грибками или микобактериями туберкулеза.
Отдельно выделяют большую группу внутрибольничных пневмоний, которые развиваются у детей при госпитализации по поводу других заболеваний. Такие пневмонии вызываются либо "больничными" штаммами возбудителей, обычно высоко резистентными к антибиотикам (стафилококки, клебсиеллы, псевдомонас – синегнойная палочка, протей), либо аутофлорой самого больного. Их развитию способствует антибактериальная терапия, проводимая больному, поскольку она подавляет обычную легочную микрофлору, к которой у ребенка есть та или иная степень иммунитета. В результате этого "открывается дорога” к заселению нижних отделов респираторного тракта чуждыми ему бактериями. Внутрибольничные пневмонии еще называют госпитальными, или "нозокомиальными”, а развиваются они через 48 часов и позднее после госпитализации.