При любой степени белковой недостаточности происходит ослабление клеточного иммунитета, повышается восприимчивость к инфекциям. У больных нередко развиваются пневмонии, гастроэнтериты, инфекции мочеполовой системы, в тяжелых случаях даже сепсис. Из-за развития инфекционных заболеваний и активации иммунитета, пусть даже ослабленного, снижается аппетит, что в свою очередь приводит к еще большей утрате мышечной массы и снижению уровня белка в крови. Еще одним общим признаком БЭН является снижение жировой и мышечной массы. При голодании в течение месяца потеря веса составила около 25 % от исходной массы тела, причем у детей вес снижается быстрее. Кахексия наиболее очевидна в областях, где в норме имеются отложения подкожно-жировой клетчатки. Происходит уменьшение мышечной массы, начинают выступать кости. Волосы истончаются, становятся сухими и выпадают. Тургор кожи значительно снижается, плохо заживают раны, в результате чего нередко происходит присоединение вторичной инфекции. У пожилых больных повышается риск перелома костей, образования пролежней и трофических язв. Страдает и сердечно-сосудистая система, уменьшается размер сердца (сердечная мышца уменьшается в объеме), падает сердечный выброс, в результате чего снижается артериальное давление и замедляется пульс. Снижается жизненная емкость легких, из-за чего снижается интенсивность дыхания. В тяжелых случаях развиваются отеки, анемия, желтуха, больной может погибнуть от печеночной, почечной или сердечно-сосудистой недостаточности.
Избыточное поступление белка способствует нарушению кислотно-основного равновесия, развитию ацидоза, накоплению мочевой кислоты с последующим нарушением пуринового обмена. Кроме этого, при избытке пищевого белка увеличивается образование продуктов его распада в виде мочевины, креатинина и других азотистых соединений, что создает повышенную нагрузку на фильтрующий аппарат почек. По некоторым данным, у людей с наследственной недостаточностью цикла мочевины при регулярном Поступлении избытка белка развивается атеросклероз. Животный белок в избыточном количестве способен, особенно у детей, аллергизировать организм.