Сторонники теории нейтральности молекулярной эволюции признают, что большая часть возможных мутаций любого гена вредна для их обладателей, и поэтому эти мутанты элиминируются путем естественного отбора или сохраняются при очень низкой частоте. Эволюцией морфологических, поведенческих и экологических признаков управляет в основном естественный отбор, поскольку он определяет возрастание частоты благоприятных мутаций за счет вредных. При этом, однако, предполагается, что в каждом локусе может существовать несколько благоприятных мутаций, равноценных с точки зрения их приспособленности. Эти мутации не подвержены действию естественного отбора, так как они не влияют на приспособленность своих обладателей (и не изменяют их морфологических, физиологических и поведенческих признаков). Согласно теории нейтральности, эволюция на молекулярном уровне заключается главным образом в постепенном случайном замещении одних нейтральных аллелей другими, функционально равноценными первым. Эта теория признает, что хотя благоприятные мутации существуют, они возникают чрезвычайно редко и потому не оказывают большого влияния на общую эволюционную скорость аминокислотных и нуклеотидных замен.
С математической точки зрения нейтральные аллели не обладают строго одинаковой приспособленностью, но различия в их приспособленностях столь малы, что изменения их частот происходят скорее в результате дрейфа генов, а не под действием естественного отбора. Допустим, что два аллеля, Α1 и А2, обладают приспособленностями, равными 1 и 1 — s, где s-положительное число, меньшее единицы. Такие два аллеля называются эффективно нейтральными тогда и только тогда, когда 4Nes ≪1, где Ne - эффективная численность популяции (гл. 23).
Пусть теперь мы хотим найти скорость замещения нейтрального аллеля k за единицу времени в ходе эволюции. В качестве единицы времени можно выбрать один год или одно поколение. В случайно скрещивающейся популяции, состоящей из N диплоидных особей k = 2Nux, где u - частота нейтральных мутаций на одну гамету за единицу времени (время для и и k измеряется в одних единицах), а х - вероятность фиксации нейтрального мутанта. Вывод этого уровня очевиден: за единицу времени возникает 2Nu мутантов, каждый из которых фиксируется с вероятностью х.
Популяция из N особей содержит по 2N генов в каждом аутосомном локусе. Если аллели нейтральны, то все гены обладают равной ве-
Это означает, что скорость (или, иными словами, частота) замещения нейтральных аллелей в точности равна частоте, с которой нейтральные аллели возникают в результате мутации независимо от численности популяции и любых других параметров. Это не только замечательно простой, но и принципиально важный результат, если только он действительно приложим к процессу молекулярной эволюции.