Для топической диагностики уровней поражения стволовых структур и характеристики полиоэнцефалитического синдрома выделено 3 уровня (в зависимости от вовлечения в патологических процесс ядер черепных нервов):
1 уровень — мезэнцефальный уровень ствола, который характеризуется симптомами поражения III и IV пар черепных нервов и чаще проявляется птозированием век, развитием офтальмопареза и(или) расходящегося косоглазия, диплопии реже - симптомом Парино, судорогой вертикального взора и слабостью конвергенции.
2 уровень — мостовой уровень ствола, к данному уровню отнесены симптомы поражения V, VI,VМ, VIII пар черепных нервов в виде слабости жевательной мускулатуры с девиацией нижней челюсти и (или) с ограничением открывания рта, реже появляются чувствительные расстройства на лице и одностороннее снижение слуха. К частым симптомам мостового уровня отнесены также — развитие слабости мимической мускулатуры, различные типы нистагма за счет поражения вестибулярных ядер и проводящих путей и синдром Гертвига-Мажанди (поражение медиального продольного пучка).
3 уровень — каудального отдела ствола, проявляющийся симптомами поражения бульбарной группы черепных нервов: IХ, Х, ХII с развитием нарушения глотания вплоть до афагии, нарушения фонации и дизартрии.