Инкубационный период болезни — от 12 дней до 20-30 дней, в среднем 2 недели.
Продромальные явления могут встречаться в течение 2-7 дней в виде общей слабости, недомогания, повышенной утомляемости, снижения аппетита, чувства разбитости и ломоты в теле, болей в суставах и мышцах, озноба, головной боли.
Основным и инициальным признаком развития ОКЭ является общеинфекционный синдром, которыйв клинике лихорадочных форм выступает как моносиндром, а при других формах сопровождается развитием различных синдромов поражения нервной системы.
Общеинфекционный синдром характеризуется субъективными симптомами: общей слабостью, потливостью, ознобом, снижением аппетита, болями в шейном и поясничном отделах,суставах, мышцах, что не строго специфично для ОКЭ и может наблюдаться при любых инфекционно-воспалительных процессах. Объективно: бледность кожных покровов,инъекция склер, гиперемия лица, шеи, груди, дистальный гипергидроз, обложенность языка белым налетом, ЧД>30 в мин. ЧСС>80 уд. в мин. У части больных наблюдается генерализованное увеличение лимфоузлов, более специфичное для другой клещевой инфекции - болезни Лайма, но имеющее важное значение и при ОКЭ в связи с участием лимфоузлов в репликации вируса КЭ. Одноволновая лихорадка характеризуется резким подъемом температуры (за 1-2 дня) свыше 38-39 0С, затем высокие цифры сохраняются в течение 5-14 дней, а далее может отмечаться длительныйсубфебрилитет в течение 15-20 дней. При двухволновой лихорадке наблюдается 2 подъема температуры с межлихорадочным периодом от 2 до 30 дней. Вторая волна начинается также остро, как и первая, но это качественно новая фаза болезни, она всегда протекает тяжелее и длится дольше. Длительность второй волны примерно в 2 раза выше первой.