клетке происходит индукция профага, транскрипция генов int и xis происходит с общего промотора pL. Нарабатываются белки, продукты генов int и xis, которые направляют рекомбинационную эксцизию профага из хозяйской хромосомы. (Вся совокупность этих и других явлений, составляющих основу жизненного цикла фага λ, будет специально разобрана в гл. 15.)
Пониманию деталей молекулярного механизма int -зависимой рекомбинации способствовало изучение этого процесса in vitro, a также установление первичной структуры участков POP' и ВОВ' и рекомбинантных участков ВОР' и РОВ'. Все эти участки характеризуются наличием общего центрального фрагмента (кора, от англ, core-сердцевина) протяженностью 15 п.н., на котором и разыгрываются основные рекомбинационные события (рис. 14.14).
Каждое из плеч (P, P', В и В') характеризуется особой, отличной от других плеч нуклеотидной последовательностью. Функциональное значение этих участков последовательности исследовали в рекомбинационной системе in vitro, содержащей очищенную интегразу и необходимые клеточные белки. В этой системе можно наблюдать рекомбинацию участков POP' и ВОВ', встроенных в сверхскрученную ДНК плазмиды pBR322, с помощью методов, обсуждавшихся в гл. 9. С использованием клонированных фрагментов, содержащих делеции разной величины в том или ином из плеч P, P', В и В', удается определить необходимый для рекомбинации минимальный размер функциональных участков, окружающих общую кор-последовательность. Было установлено, что функциональный участок POP' содержит по 240 п. н. с каждой стороны от кора. В то же время функционально необходимый участок ВОВ' по размеру не намного превышает саму 15-нуклеотидную кор-последовательность. Участки нуклеотидной последовательности, с которыми специфически связывается интеграза фага λ, были идентифицированы с помощью так называемого «футпринтинга» (от англ, footprint - след ноги; см. Дополнение 14.2). В связывании участвуют центральная область POP' протяженностью 34 п. н., включающая кор, а также два участка последовательности в плече Ρ и один, более протяженный, в плече Р'. С другой стороны, единственный участок узнавания на хромосоме представляет собой последовательность из 20 п. н., включающую область кора ВОВ'. Вследствие различий в структуре плечевых участков фагового и хозяйского αtt -сайтов рекомбинантные сайты РОВ' и ВОР' в функциональном отношении отличаются от POP' и ВОВ'. Это отличие несомненно и проявляется в том, что интеграза, направляющая процесс встраивания профага, сама по себе оказывается неспособной катализировать обратную реакцию, для осуществления которой необходимо участие дополнительного белка-продукта гена xis.
Механизмы встраивания и вырезания профага пока в точности не известны. Установлено, что очищенная интеграза обладает топоизомеразной активностью. Она делает одноцепочечный разрыв в суперскрученной ДНК, благодаря чему осуществляются свободное вращение и удаление супервитков. Вслед за этим интеграза направляет замыкание фосфодиэфирной связи без использования каких-либо дополнительных источников энергии. Считают, что энергия первоначально расщепленное связи сохраняется благодаря ковалентному связыванию высвободившейся 5'-фосфатной группы с самой интегразой. Известно, что при рекомбинации между POP' и ВОВ' образуется очень короткий участок ге-