Типичные возбудители. Большинство случаев инфекций мочевыводящих путей вызывают представители семейства Enterobacteriaceae, происходящие из ЖКТ. В частности, около 50–85% всех поражений вызывают Escherichia coli, 8–13% — Klebsiella pneumoniae. У госпитализированных пациентов спектр возбудителей значительно шире и включает виды Proteus, Serratia, Aeromonas, Pseudomonas и др. Среди грамположительных бактерий подобные поражения наиболее часто вызывают Enterococcus faecalis, Staphylococcus saprophyticus и стрептококки группы В.
Нетипичные возбудители. В некоторых случаях из мочи выделяют Staphylococcus aureus, коринебактерии и лактобациллы; следует помнить, что их наличие в мочевыводящих путях часто бывает следствием основной патологии. Возбудители уретритов — Trichomonas vaginalis, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum, Chlamydia trachomatis — редко вызывают истинные инфекции мочевой системы. У лиц, страдающих сахарным диабетом, пациентов с мочевыми катетерами и беременных женщин в моче нередко обнаруживают грибки рода Candida. Следует помнить, что наличие кандид обычно свидетельствует о колонизации мочеиспускательного канала сапрофитического характера. Восходящий кандидоз мочевого тракта наблюдают редко; повторное выделение дрожжеподобных грибов может означать наличие вторичного пиелонефрита при диссеминированном кандидозе.
Роль вирусов в развитии инфекций мочевыводящих путей остаётся до конца не выясненной (исключая конкретные заболевания, обусловленные проникновением иммунных комплексов, содержащих возбудитель, в почечные клубочки).
Инфекции мочевыводящих путей — основной фактор, обусловливающий проникновение грамотрицательной микрофлоры в кровоток. Тяжёлые осложнения, особенно у пациентов с анатомическими аномалиями мочевыводящих путей, — бактериемии, уросепсис и септический шок. Как правило, шок развивается при массивном проникновении бактерий в кровоток, например при травматизации стенок мочевыводящих путей при хирургической коррекции дефектов инфицированных органов. Как редкое осложнение после острого пиелонефрита наблюдают тяжёлое повреждение почечной ткани в результате папиллярного некроза. Поражения обусловлены образованием абсцессов в почках и паранефральной клетчатке с последующим развитием бактериемии. В редких случаях инфекции мочевого тракта могут приводить к развитию хронического пиелонефрита.