Этиология ПБЦ неизвестна. В качестве возможных этиологических факторов рассматриваются бактериальная и вирусная инфекции. Не исключается полностью роль ряда лекарств (в первую очередь – хлорпромазина) в развитии ПБЦ.
Определенную роль играют генетические факторы, однако в отличие от других аутоиммунных заболеваний при ПБЦ нет четкой ассоциации между болезнью и генотипом HLA-системы. При ПБЦ описаны случаи семейных заболеваний (их частота – 1-7%). Заболеваемость среди родственников первой линии родства в 500 раз выше, чем в общей популяции.
В качестве возможных факторов патогенеза рассматриваются аутоиммунные реакции, характеризующиеся нарушением как клеточного, так и гуморального иммунитета. В спектр гуморальных изменений входит образование специфических антимитохондриальных антител (АМА). АМА являются серологическим маркером ПБЦ. В качестве основной антигенной детерминанты для АМА выступает липоамидный домен Е2- субъединицы пируватдегидрогеназы 2-оксоглутаратдегидрогеназного комплекса.
Центральной мишенью для развития иммунного ответа и последующей воспалительной реакции являются междольковые и септальные желчные протоки, на эпителии которых показана экспрессия ПДГ-Е2-подобных молекул. Причина экспрессии указанного эпитопа на поверхности билиарного эпителия неизвестна. АМА связываются с апикальной мембраной эпителиальных клеток желчных протоков в комплексе с белками главного комплекса гистосовместимости II класса, инициируя апоптоз эпителия внутрипеченочных желчных протоков Т-лимфоцитами, преимущественно CD4-положительными PDC-Е2-специфичными Th1-клетками. Основным механизмом гибели клеток желчного эпителия является апоптоз, который инициируют Th1-лимфоциты.
В настоящее время концепция патогенеза ПБЦ представляется следующим образом. На 1-м этапе имеет место генетически детерминированная предрасположенность к аутоиммунной агрессии против эпителия междольковых и септальных желчных протоков, которая, вероятнее всего, реализуется с участием АМА под действием факторов внешней среды, среди которых лекарства и инфекции занимают ведущие позиции. Дальнейшее прогрессирование заболевания протекает по универсальному для всех холестатических заболеваний механизму – имеет место билиарный цитолиз гепатоцитов вследствие детергентного действия желчных кислот, накапливающихся в повышенных концентрациях в печеночных клетках из-за механической блокады желчетока на фоне прогрессирующей деструкции мелких внепеченочных желчных протоков. Основной механизм деструкции гепатоцитов с распространением фиброза связан с повреждением мембран митохондрий токсичными желчными кислотами, что приводит к уменьшению синтеза АТФ с последующим неконтролируемым поступлением ионов кальция в цитоплазму гепатоцитов и активацией кальцийзависимых гидролаз (протеиназ, липаз), осуществляющих лизис мембран органелл и клеточной стенки гепатоцитов. Результатом прогрессирования заболевания становится медленное формирование ПБЦ.