генная конверсия и высокая отрицательная интерференция, связанных с рекомбинационными процессами (см. гл. 14). Дополнительные данные были получены благодаря обнаружению мутаций, инактивирующих ферменты, вовлеченные в систему исправления ошибок репликации. Эти мутации заметно повышают частоту спонтанных мутаций во всех генах организма. Наиболее полно система исправления ошибок репликации изучена у Е. coli.
Для нормального функционирования аппарата исправления ошибок, связанных с включением неправильных нуклеотидов, необходимо располагать механизмом, позволяющим отличать новосинтезированную цепь ДНК от родительской матричной цепи. В противном случае с вероятностью 1/2 будет происходить «исправление» нуклеотида в родительской цепи, приводящее к закреплению потенциально мутагенной ошибки, допущенной ДНК-полимеразой. Вероятно, для установления различий между родительской и дочерней цепями ДНК в E. coli используется метилирование аденина в последовательности GATC. Эта палиндромная последовательность обычно метилирована в обеих цепях родительской ДНК. При полуконсервативной репликации метилированной ДНК образуется дочерняя ДНК, в которой одна цепь, пришедшая от родительской ДНК, метилирована, а новообразованная цепь в течение некоторого времени после выхода из области репликативной вилки остается неметилированной. Следует заметить, что метилирование новообразованной цепи ДНК осуществляется ферментом, отличным от метилаз, входящих в систему рестрикции — модификации, обсуждавшуюся в гл. 9. Бактерии dam –, дефектные по метилированию аденина в результате нарушения синтеза соответствующей метилазы характеризуются повышенной частотой спонтанных мутаций, что подтверждает гипотезу об участии метилазы dam в системе исправления ошибок репликации.
Система исправления ошибок в ДНК включает несколько различных ферментативных функций. Процесс исправления начинается с вырезания участка новообразованной цепи, содержащей неправильно встроенный нуклеотид, за которым следует заполнение образовавшейся бреши в ходе репарационного синтеза с использованием в качестве матрицы верной нуклеотидной последовательности родительской цепи. Было установлено участие в процессе вырезания четырех генов, точная функциональная роль каждого из которых пока неизвестна. Мутации в любом из этих генов (mut H, mut L, mut S и uvr D) вызывают проявление «мутаторного» фенотипа. Локализация этих генов на генетической карте Е. coli показана на рис. 13.12. Полной инактивации системы исправления ошибок, описанной выше, можно достичь совмещением мутаций в этих генах в пределах одного и того же штамма E. coli. Такой штамм характеризуется частотой спонтанных мутаций около 10–6-10–7 ошибок на нуклеотид, т.е. такой же величины, что и при действии ДНК-полимеразы III in vitro. Таким образом, крайне низкий уровень спонтанных мутаций, наблюдаемый в норме у E. coli, обусловлен действием корректирующих функций ДНК-полимераз I и III, которые дополнительно подстрахованы системой исправления ошибок в новообразованной цепи ДНК.
Помимо ошибок, возникающих при репликации, ДНК также подвержена повреждениям, которые могут возникать спонтанно или под воздействием особых условий окружения. Для инициации удаления поврежденных нуклеотидов используются два основных типа репарационных