Биохимический анализ механизма репликации ДНК основан на выделении и очистке ферментов и других белков, осуществляющих одну или несколько стадий репликационного процесса in vitro. Разработке и изучению системы репликации in vitro в значительной мере способствовало использование в качестве матриц небольших подробно охарактеризованных вирусных геномов, например фага фХ174, поскольку продукты их репликации in vitro также легко поддаются изучению. Образование способных к инфекции молекул вирусной ДНК in vitro может лежать в основе однозначного биологического теста на аутентичность продукта репликации. Системы репликации in vitro были разработаны для одноцепочечных кольцевых ДНК фагов фХ174, G4 и М13. Благодаря этим исследованиям удалось сделать весьма примечательное наблюдение, что эти фаги, каждый из которых может инфицировать Е. coli, используют для своей репликации различные наборы генетических функций Е. coli, связанных с синтезом хозяйской ДНК. На ДНК М13, окруженной SSB-белками, инициация синтеза комплементарной цепи ДНК зависит от синтеза РНК-затравки в определенном участке кольца, направляемого РНК-полимеразой хозяина, которая в норме отвечает за транскрипцию хозяйской ДНК. РНК-полимеразу ингибирует антибиотик рифампицин, который подавляет также репликацию ДНК фага М13 in vitro и in vivo. С другой стороны, ДНК фага G4, также связанная с SSB-белком, для синтеза инициирующей РНК-затравки использует другой фермент клетки-хозяина -праймазу (продукт гена dnaG). В то же время для синтеза РНК-затравки и инициации репликации ДНК фага фХ174, связанной с SSB-белком, требуется участие целого ряда хозяйских белков, включая и продукты генов ana В и ana С. Во всех трех случаях синтез ДНК на образовавшейся РНК-затравке инициируется ДНКполимеразой III. По-видимому, в репликации фХ174 участвуют все ферменты хозяина, связанные с синтезом отстающей цепи ДНК в репликативной вилке, а в случае фагов G4 и М13 необходимым является участие тех ферментов, которые используются только для инициации репликации хромосомы.
Совокупность процессов, связанных с синтезом ДНК в репликативной вилке, схематически представлена на рис. 13.10. Для образования вилки фермент хеликаза разделяет цепи родительской ДНК. В этом процессе участвует также топоизомераза, релаксирующая возникающие при расплетании дополнительные витки. С открывшимися одноцепочечными участками ДНК связываются молекулы SSB-белка. Синтез ведущей цепи направляется ДНК-полимеразой III. Синтез затравочных фрагментов (праймеров), необходимых для образования отстающей цепи, осуществляется сложным ферментативным комплексом, который называют праймосомой, функционирующим в тесном контакте с хеликазой. В состав праймосомы входят продукты генов dnaB, ana С и dnaG, а также еще четыре белка-продукты неидентифицированных генов п, п', п" и i. Вероятно, большая часть этих белков используется для удаления молекул SSB-белка и экспонирования участка, на котором праймаза (dna G) может инициировать синтез затравки. По мере расплетания родительской двойной спирали праймосома вместе с хеликазой активно продвигаются по цепи. Для осуществления этого процесса требуется затрата энергии, поставляемой за счет гидролиза АТР белком п'. РНКзатравки необходимы для инициации синтеза ДНК ферментом Pol III. Удаление затравок реализуется за счет 5' ® З'-экзонуклеазной активно-