вляется ДНК-полимеразой, использующей в качестве субстратов дезоксирибонуклеозидтрифосфаты (dATP, dGTP, dTTP и dCTP). Для осуществления реакции матричной сополимеризации этих субстратов любым ДНК-полимеразам необходимо наличие затравки со свободным З'-ОН-концом (см. рис. 4.8), к которому мог бы присоединиться следующий нуклеотид растущей цепи ДНК. Реакция, катализируемая ДНК-полимеразой, может быть отражена следующей схемой:
(dNp)ndNOH + dNTP ® (dNp)n+1dNOH + Р-Р,
где (dNp)ndNOH - это растущая цепь ДНК с З'-ОН-группой на конце, dNTP-молекула дезоксирибунуклеозидтрифосфата, а Р-Р-молекула неорганического пирофосфата. Очередной нуклеотид присоединяется к 3'-концу растущей цепи, при этом происходит отщепление пирофосфата. 3'-ОН-группа присоединившегося таким образом нуклеотида в свою очередь выступает в роли затравки для присоединения следующего нуклеотида. Цепи ДНК в предложенной Уотсоном и Криком структуре двойной спирали антипараллельны, то есть в области репликативной вилки присутствуют и 3'- и 5'-концы синтезируемых цепей. Как уже упоминалось, для действия ДНК-полимеразы необходимо наличие З'-ОН-затравки, и поэтому только одна из двух растущих цепей ДНК (ведущая цепь) может синтезироваться непрерывно. Синтез другой (отстающей) цепи идет прерывисто (рис. 13.1, А). Экспериментальные данные, свидетельствующие о прерывистом характере роста в репликативной вилке одной из цепей, были получены с помощью пульсового введения метки 3Н-тимидина в синтезируемую в клетках ДНК. Если перед экстракцией ДНК из клеток они находились в контакте с радиоактивным субстратом лишь в течение нескольких секунд, то оказывается, что значительная часть новосинтезированной ДНК (идентифицируемой по содержанию радиоактивности) при щелочной денатурации распадается на ряд небольших одноцепочечных фрагментов длиной около 1000-2000 нуклеотидов. Они получили название фрагментов Оказаки, по имени Рейджи Оказаки, впервые обнаружившего эту особенность репликации ДНК. Если пульсовое введение 3Н-тимидина прерывают перенесением растущих клеток на обычную среду, не содержащую меченых предшественников, и подращивают клетки в течение нескольких минут (метод «пулъс-чейз»), то радиоактивность обнаруживается уже в составе весьма протяженных фрагментов ДНК (рис. 13.2).
Поначалу тот факт, что «отстающая» цепь ДНК синтезируется не непрерывно, представлялся весьма удивительным, поскольку неясно было, откуда всякий раз берутся новые затравки («праймеры»). Как известно, для работы ДНК-полимеразы необходимо наличие З'-ОН-затравки, без которой фермент не способен направлять рост цепи. Так, очищенная ДНК-полимераза оказывается абсолютно неактивной в смеси, содержащей кольцевую одноцепочечную ДНК фага фХ174 в качестве матрицы и необходимые субстраты. В то же время, как мы знаем, РНК-полимераза может инициировать синтез РНК по одноцепочечной ДНК-матрице в отсутствие какой бы то ни было затравки.
Это свойство РНК-полимеразы подтверждается, как отмечалось в гл. 11, тем, что на 5'-конце синтезируемых молекул РНК содержится трифосфатная группировка. Впоследствии было установлено, что на 5'-конце фрагментов Оказаки находятся участки РНК. Это указывает на участие РНК-полимеразы в образовании РНК-затравок при репликации