coli. Клеточные экстракты каждого из трёх мутантных штаммов проверяли на способность направлять синтез комплементарных цепей по одноцепочечной кольцевой ДНК-матрице in vitro. На основании данных, приведенных в таблице («+» означает протекание репликации), определите, в каких генах могут локализоваться рассматриваемые мутации. Предскажите характер поведения клеточных экстрактов двойных мутантов wz, xz, wx.
13.4. Как, располагая температурочувствительной мутацией, блокирующей синтез бактериальной ДНК при рестриктивной температуре, определить, затрагивает ли она процесс элонгации цепи ДНК в репликативной вилке или инициацию синтеза ДНК на участке ori? 13.5. Изобразите предполагаемую кинетику включения 3Н-тимина в ДНК до и после изменения температуры от 30° до 42° при культивировании температурочувствительных мутантов Е. соli, содержащих мутации: (а) в гене dna A и (б) в гене dna E. Известно, что рифампицин ингибирует РНК-полимеразу. Изобразите ожидаемый кинетический профиль включения 3Н-тимина в ДНК до и после добавления рифампицина к культуре E. coli дикого типа. 13.6. Объясните, почему нормальная система исправления ошибок репликации E. coli вызывает повышение частоты возникновения мутаций у штаммов dam –? 13.7. Фаг λ дикого типа неспособен формировать бляшки на газоне мутантных штаммов E. coli dna B –, dna С –, dna E –, dna G – при рестриктивной температуре. В то же время фаг Т7 дикого типа способен нормально развиваться на всех этих хозяевах при рестриктивной температуре. Какой вывод можно сделать о структуре генома этих двух типов фагов?
13.8. Предложите метод, с помощью которого можно определить, играет ли Вбелок существенную роль в репликации ДНК E. coli или участвует только в репликации одноцепочечной фаговой ДНК. 13.9. Опишите два различных способа, которые могут использоваться для репарации дефектных оснований в ДНК. 13.10. Фаг Т7 содержит линейную двухцепочечную по всей длине молекулу ДНК. Частичное расщепление этой ДНК экзонуклеазой III с последующим отжигом выявляет наличие в ее структуре концевых повторов. При этом в отличие от фагов Т2 и Т4 у фага Т7 не происходит кольцевых перестановок генов. При инфекции фагом Т7 репликация фаговой ДНК инициируется на участке ori, расположенном на расстоянии, соответствующем 17% общей длины молекулы от левого конца ДНК. В репликации участвует линейная молекула ДНК; кольцевые формы не образуются. На более поздних, стадиях инфекции наблюдается образование весьма протяженных линейных конкатемеров ДНК Т7. Предложите модель репликации ДНК фага Т7, объясняющую необходимость возникновения конкатемерных структур для полной репликации линейного фагового генома. 13.11. Используя в качестве матрицы ДНК, выделенную из любого организма, расщепленную на относительно небольшие фрагменты, содержащие одноцепочечные разрывы, с помощью ДНК-полимеразы I E. coli можно получить представительный набор меченых последовательностей, соответствующих последовательностям исходной ДНК. Если единственным радиоактивным предшественником служит один из четырех нуклеотидов [-32Р] dYTP, то при последующей ферментативной деградации меченой ДНК будут образовываться 3'-32Р-дезоксирибонуклеотиды, как показано на рис. 13.16. При наличии в реакционной смеси одного из четырех меченых предшественников (dNTP) и трех немеченых предшественников (dNTP) после синтеза и деградации по аналогичной схеме, располагая методом разделения и идентификации всех четырех 3'-32Р-дезоксирибону-
13.4. Как, располагая температурочувствительной мутацией, блокирующей синтез бактериальной ДНК при рестриктивной температуре, определить, затрагивает ли она процесс элонгации цепи ДНК в репликативной вилке или инициацию синтеза ДНК на участке ori? 13.5. Изобразите предполагаемую кинетику включения 3Н-тимина в ДНК до и после изменения температуры от 30° до 42° при культивировании температурочувствительных мутантов Е. соli, содержащих мутации: (а) в гене dna A и (б) в гене dna E. Известно, что рифампицин ингибирует РНК-полимеразу. Изобразите ожидаемый кинетический профиль включения 3Н-тимина в ДНК до и после добавления рифампицина к культуре E. coli дикого типа. 13.6. Объясните, почему нормальная система исправления ошибок репликации E. coli вызывает повышение частоты возникновения мутаций у штаммов dam –? 13.7. Фаг λ дикого типа неспособен формировать бляшки на газоне мутантных штаммов E. coli dna B –, dna С –, dna E –, dna G – при рестриктивной температуре. В то же время фаг Т7 дикого типа способен нормально развиваться на всех этих хозяевах при рестриктивной температуре. Какой вывод можно сделать о структуре генома этих двух типов фагов?