Первая номенклатура, известная как «Денверская классификация»(1960), заложила основу для всех последующих номенклатур, и многие ее положения остались неизменными до настоящего времени. Затем были внесены уточнения в классификацию в 1963 году на специальной конференции в Лондоне и в 1966 году на на 3-м Международном конгрессе по генетике человека в Чикаго. Данная классификация характеризует равномерно окрашенных хромосом.
В начале 70-х годов была разработана дифференциальная окраска хромосом в результате чего каждую хромосому можно было идентифицировать более точно. Следствием этого открытия стала созданная на 4-м Международном конгрессе по генетике в 1971 году «Парижская классификация».
В 1978 году было решено разработать унифицированный вариант номенклатуры хромосом который получил название «Международная система номенклатуры хромосом человека». В этом документе давалась полная номенклатура хромосом в норме и при хромосомных аномалиях. До 1995 года в него неоднократно вносились поправки в связи с разработкой метода высокоразрешающего окрашивания хромосом, в результате которого исследователи смогли получать до 2000 хромосомных сегментов на кариотип по сравнению с прежними 200-400 сегментами.
В настоящее время действует «Международная система номенклатуры хромосом человека» принятая в 2005 году.