Как и при язвенном колите, этиология болезни остается еще неизвестной. Существует несколько теорий, пытающихся объяснить происхождение болезни Крона: инфекционная теория, и в частности точку зрения, считающую причиной болезни туберкулезную инфекцию, саркоидозная теорию, иммунологическая, нейрогенная и другие теории.
Отдельно следует остановиться на роли наследственности в происхождении болезни Крона. Частота болезни Крона у кровных родственников больных с этой патологией, по наблюдениям различных исследователей, колеблется от 7,9% до 38,0%. По данным шведских авторов, болезнь Крона у родственников 1-й степени родства пробандов с этой патологией встречается в 21 раз чаще. По сводным данным 3 зарубежных коллективов исследователей, у монозиготных близнецов у 72% отмечается конкордантность по заболеваемости болезнью Крона, у дизиготных - только у 8%. Из более чем 200 аллелей антигенов главного комплекса гистосовместимости установлена ассоциация этой болезни с антигенами А2, В14, В15, В18 и С5. Многими исследователями обнаружена связь болезни Крона и с другими генетическими маркерами.
Следует, однако, подчеркнуть, что одного наследственного предрасположения недостаточно для возникновения этого заболевания, которое надо рассматривать как мульти-факториальное. Для реализации наследственного предрасположения необходимы воздействия факторов внешней среды. Каковы они - до сих пор неизвестно. Не исключено, что это могут быть различные средовые влияния, специфичной следует считать лишь стереотипную реакцию организма на разные воздействия внешней среды благодаря определенной наследственной предрасположенности, сами внешние воздействия могут быть неспецифичными. Подобные рассуждения могут быть справедливы и относительно неспецифического язвенного колита. О близости обоих заболеваний говорит то обстоятельство, что в некоторых семьях, где имеются больные язвенным колитом, их кровные родственники страдают болезнью Крона. Обе болезни принято объединять в одну группу неспецифических воспалительных заболеваний кишечника.
Одним из частных механизмов возникновения болезни Крона некоторые авторы считают нарушения кровообращения в стенке кишки. В последнее время показано, что при данной патологии наблюдается выраженный вазоспастический синдром, о чем свидетельствуют данные капилляроскопии ногтевого ложа. Расстройства кровотока в кишечнике, по всей вероятности, не являются первичным механизмом, они возникают вторично и оказывают определенное воздействие на течение заболевания.
Патологический процесс при болезни Крона начинается в подслизистом слое кишки, в дальнейшем он переходит на мышечный и подсерозный слои, при этом поражаются лимфатические сосуды, развивается воспалительный отек кишечной стенки, образуются гранулемы с эпителиоидными клетками без казеоза. Слизистая оболочка кишки в отличие от язвенного колита не страдает. Просвет кишки суживается, нередко образуются внутренние свищи между отдельными петлями кишечника или между кишкой и другими органами (влагалищем, фаллопиевой трубой, мочевым пузырем и др.), могут возникать и наружные свищи, перфорации кишки редки.
Примерно у каждого 4-го пациента наблюдается изолированное поражение конечного отдела подвздошной кишки - терминальный илеит, приблизительно у каждого 5-го - сегментарный гранулематозный колит, чаще всего наблюдается илеоколит, который встречается у половины больных болезнью Крона. Таким образом, в целом конечный отдел подвздошной кишки оказывается пораженным у 3/4 больных, а по данным некоторых авторов - у всех.
Толстая кишка вовлекается в патологический процесс у большей части пациентов, но все же несколько реже, чем подвздошная. В отличие от язвенного колита для болезни Крона более характерно поражение правого отдела толстой кишки, особенно это типично для начального периода болезни, в дальнейшем гранулематозный процесс может распространиться на всю толстую кишку. Примерно у каждого 5-го больного поражается и прямая кишка, анальные изменения наблюдаются еще чаще. У отдельных пациентов в патологический процесс вовлекаются пищевод, желудок, двенадцатиперстная кишка, тощая кишка, червеобразный отросток.