Джерелом інфекції є заражена людина чи тварина.Механізм зараження специфічний для кожної інфекційної хвороби. При інфекційних хворобах, збудники яких виділяються з організму здебільшого з секретом слизових оболонок носа, глотки та верхніх дихальних шляхів, зараження відбувається повітряно-краплинним шляхом. Такі інфекції називають повітряно-краплинними, або інфекціями дихальних шляхів (кір, краснуха, вітряна віспа, епідемічний паротит, дифтерія, скарлатина, менінгококова інфекція, коклюш тощо).
Збудник може передаватися і при безпосередньому спілкуванні здорової людини з джерелом інфекції, тобто контактним шляхом. Наприклад, дифтерія, скарлатина можуть передаватися при поцілунку (прямий контакт). Передача інфекції через заражені об'єкти навколишнього середовища, тобто через непрямий контакт, можлива лише при хворобах, збудникам яких властива стійкість у цьому середовищі. Зараження відбувається через посуд, іграшки, рушники, носові хусточки та інші предмети, якими користується хворий. Зараження через непрямий контакт має велике значення в епідеміології кишкових інфекцій. Випорожнення хворого, в яких є збудники, інфікують різноманітні предмети. Здорова людина, торкаючись цих предметів, заражує руки, вносить збудника в рот.
Харчовий (аліментарний) шлях передачі збудника характерний для групи кишкових інфекцій (сальмонельоз, дизентерія, вірусний гепатит А та ін.). Зараження через воду може відбуватися при вживанні її для пиття (кишкові інфекції) і в результаті попадання інфікованої води на пошкоджену (поранену) шкіру, тобто за типом непрямого контакту (лептоспіроз, туляремія тощо). Механічними переносниками збудників кишкових інфекцій є мухи. Епідеміологічна роль їх при кишкових інфекціях істотна.
При багатьох інфекційних хворобах передача збудника здійснюється живими переносниками — різноманітними членистоногими (комахи та кліщі). Це трансмісивний шлях передачі інфекції.
Місце проникнення мікроорганізмів в організм називають вхідними воротами інфекції. Для кожного виду захворювання є свої вхідні ворота, так, наприклад, холерний вібріон проникає в організм через рот і не здатний проникати через шкіру.
Дуже важливе значення для виникнення інфекційного процесу має стан макроорганізму. Ступінь його участі в інфекційному процесі може залежати від виду і генотипу, реактивності, розладу функції центральної нервової системи (ЦНС), білкового голодування, наявності вітамінів, гормонів та інших факторів. Залежно від стану, в якому перебуває макроорганізм, а також впливу зовнішнього середовища інфекційний процес може закінчитися загибеллю хвороботворного мікроорганізму, загибеллю макроорганізму або встановленням взаємної адаптації між ними.
Проникнення в макроорганізм патогенного мікроба не завжди спричиняється до захворювання; в багатьох випадках воно обмежується короткочасним інфікуванням без прояву хвороби або відносно тривалим носінням збудників інфекції макроорганізмом. Саме завдяки цьому інфекція може траплятися набагато частіше, ніж інфекційні хвороби.