Основные причины развития заболевания – нарушения уродинамики, снижение иммунитета и инфекции. Нарушению пассажа мочи способствуют врождённые аномалии мочевыводящих путей, особенности конституции, предрасполагающие к опущению внутренних органов, в том числе и к нефроптозу. Наследственная предрасположенность может проявляться и в дискинезии мочевыводящих путей при неврозе. Расстройства оттока мочи возникают при беременности, геморрое, запорах, аденоме простаты, нефролитиазе, в результате спаечного процесса после операций (вторичный пиелонефрит).
Возбудители (в большинстве случаев – кишечная палочка, клебсиеллы, энтерококки, протей) проникают в почку восходящим (урогенным) путём (через уретру, мочевой пузырь и мочеточники), лимфогенным и гематогенным (из очагов инфекции в организме, например, в миндалинах, кариозных зубах, костях при остеомиелите) путями. Наряду со снижением местного иммунитета заболевание провоцируют факторы, нарушающие функции иммунной системы и снижающие общую резистентность организма, например переутомление, гиповитаминоз, злоупотребление антибиотиками, применение иммунодепрессантов.
Микроорганизмы, проникшие в почку, вызывают воспаление слизистых оболочек чашечек, лоханок и/или интерстиция. Инфильтрация интерстициальной ткани почек приводит к нарушению внутрипочечной гемодинамики, а это, в свою очередь – к нарушению притока иммуноглобулинов и снижению миграции лейкоцитов в ткань почек. При сочетании нарушений механизмов местной защиты и эффективности рекаций иммунобиологического надзора возможно формирование аутоиммунного процесса с вовлечением почечных клубочков и развитием гломерулонефрита. Хронизации процесса способствуют анатомические аномалии, а также формирование безоболочечных форм возбудителей (L-формы и протопласты), нередко связанное с нерациональной противомикробной терапией. Воспаление нарушает выделительную функцию почек. Развивается интоксикация, усугубляющая расстройства уродинамики и иммунодефицит.