Проницаемость ГЭБ для различных веществ оценивают путем их введения в кровь, с последующим определением в динамике концентрации в плазме, ликворе и гомогенате мозга.
Свойства веществ, влияющие на их способность проникать в мозг, по сути, идентичны свойствам, регулирующим проникновение соединений через клеточные мембраны: жирорастворимые соединения легко проникают в мозг, водо-растворимые - плохо; слабые кислоты и основания диффундируют через ГЭБ и ликворный барьер только в неионизированной форме; неионизированные молекулы веществ проникают через барьеры тем лучше, чем выше их коэффициент распределения в системе масло/вода; диффундировать через барьеры может лишь фракция вещества, не связанная с белками плазмы крови. В соответствии с изложенным, жирорастворимые неэлектролиты, например хлорированные углеводороды, спирты, ароматические углеводороды и др., легко проникают через ГЭБ. Напротив, чужеродные органические электролиты, например азотсодержащие основания (алкалоиды, миорелаксанты и т.д.) не проникают в ЦНС.
Необходимые мозгу вещества: субстраты обменных процессов, биорегуляторы (аминокислоты, глюкоза, нуклеотиды и др.), переносятся через ГЭБ с помощью специальных механизмов активного транспорта и проникают в ЦНС не зависимо от химических и физико-химических свойств. Синтетические аналоги этих веществ, при поступлении в кровь, могут либо проникать в ткань мозга с помощью имеющихся механизмов активного транспорта, либо блокировать проникновение в ЦНС естественных метаболитов, конкурируя с ними за механизмы транспорта. И то и другое может стать причиной формирования токсического процесса. Примером таких веществ является -метил-m-тирозин. Эта аминокислота активно переносится из плазмы крови в мозг. Здесь путем последовательного декарбоксилирования и гидроксилирования образуется молекула вещества (метараминол), провоцирующего выброс норадреналина из пресинаптических нервных окончаний с развитием соответствующих эффектов. При внутривенном введении метараминола экспериментальным животным центральные эффекты не развиваются, так как вещество, не будучи аминокислотой, не проникает через ГЭБ.
Проницаемость ГЭБ в значительной степени изменяется с возрастом и при различных патологических состояниях (воспалительный процесс, ацидоз). У плода и новорожденных барьер проницаем для токсикантов, не проникающих в мозг взрослого (например ионы свинца при остром отравлении солями металла). При менингите в мозг проникают антибиотики, не проходящие через ГЭБ здорового. В условиях эксперимента проницаемость гематоэнцефалического барьера можно усилить, вводя в кровь гипертонический раствор арабинозы или другие соединения (алкоголь, мочевину, нортриптилин и т.д.).
Вещества, для которых ГЭБ не проницаем, при введении в ликворное пространство (желудочки мозга) проникают в мозговую ткань. Ацетилхолин, адреналин, гистамин, амфетамин, тубокурарин и т.д. при этом способе введения быстро оказывают воздействие на ЦНС. Проникновение веществ из ликвора в мозг осуществляется с ликворным током, противоположным по направлению току жидкости в венозные синусы, формируемые твердой оболочкой мозга.