Система корневого канала часто характеризуется наличием боковых каналов и анастомозов, рассыпным строением в апикальной части. Полноценная очистка, формирование и стерилизация корневых каналов возможны далеко не во всех случаях.
Гистологическое строение корневого канала еще более сложно: как видно, от центра канала к периферии оно представлено следующими тканями: ткань пульпы, слой одонтобластов, предентин, т. е. зона дентина, соответствующая по минеральному составу понятию «граница минерализации дентина» и дентин со сложной тубулярной системой строения. Число и ориентация дентинных канальцев может варьировать в зависимости от физиологических особенностей или патологических изменений. Концентрация дентинных канальцев может составлять от 20000 до 40000/мм2, а средний диаметр - 2-4 мкм. Дентинные канальцы создают сложную трехмерную коммуникационную систему между полостью рта и системой корневых каналов: в зубах с жизнеспособной пульпой просветы дентинных канальцев заполнены отростками одонтобластов и дентальным ликвором, которые обеспечивают защиту пульпы путем формирования преграды для проникновения бактерий и их токсинов.
В случае гибели пульпы происходит обезвоживание дентинных канальцев, в просвете которых остается только тканевой распад отростков одонтобластов, по просвету канальцев легко происходит миграция микроорганизмов, токсинов, и медикаментов, способных к пенетрации дентина. Дентинные канальцы могут содержать бактерии, проникающие в них как из полости рта, так и из системы корневых каналов. Поскольку бактерии могут приводить к неэффективности эндодонтического лечения, они должны быть устранены.