Для переливания крови важно соблюдать простои принцип: А-и/или В-антигены выявляются в реакции агглютинации со специфическими антисыворотками. Этот тест необходим при любых трансфузиях крови, поскольку здоровые люди имеют антитела именно к тем антигенам, которых у него нет. Типирование Rh (резус)-антигенов проводится для исключения сенсибилизации матери антигенами, которые может иметь ожидаемый ребёнок, так как несовместимость по Rh-антигенам приводит к тяжёлой гемолитической болезни плода. Совместимость по минорным антигенам имеет значение для сенсибилизированных реципиентов при повторных трансфузиях. К возможным негативным последствиям переливания крови относится сенсибилизация реципиента к антигенам ГКГС на В-лимфоцитах донора. У пациентов с тяжёлыми иммунодефицитами возможно развитие болезни трансплантат против хозяина (БТПХ), при которой Т-лимфоциты донора реагируют против антигенов реципиента. Это основное осложнение при пересадке костного мозга.
При пересадке других органов (например, почек) необходимо типирование донора и реципиента по антигенам не только АВ0, но и ГКГС. Типирование антигенов ГКГС проводится с помощью микроцитотоксического теста, в котором используются В-лимфоциты (единственно доступные клетки, несущие оба типа антигенов ГКГС), моноспецифическая сыворотка и комплемент. Антигены ГКГС класса II, кодируемые в DP-локусе. могут быть выявлены смешанной реакцией лимфоцитов. Стимуляция Т-клеток реципиента В-лимфоцитами донора означает положительный ответ, т.е. различие по антигенам ГКГС класса II. Приживление трансплантата почки зависит от того, насколько тщательно донор и реципиент подобраны по антигенам ГКГС, особенно класса II (HLA-DR). Положительные результаты дают пересадки между родственниками, что предполагает наличие дополнительных, минорных локусов гистосовместимости. Опыты на мышах полностью подтверждают это предположение.