В связи с тем, что бактерии и синезелсные водоросли (цианобактерии) имеют сходство в строении клеток, а растения и сине-зеленые водоросли обладают способностью к фотосинтезу, эти три группы живых организмов по традиции относили к объектам ботаники и поэтому утверждали, что бактерии являются, как правило, одноклеточными растениями.
В клетках различных живых существ ядерное вещество, или генофор, может быть не отделено от цитоплазмы ядерной мембраной (бактерии и синезеленые водоросли) или иметь собственную ядерную оболочку (растения, грибы, животные и простейшие). На этой основе различают прокариотический и эукариотический типы клеточной организации. В связи с этим организмы подразделяют на прокариоты и эукариоты. К прокариотам относятся бактерии.
Наиболее существенные особенности прокариот следующие:
• генофор (нуклеотид, нуклеоплазма, ядро) состоит из двойной спиральной нити дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК). Он не отделен от цитоплазмы какой-либо мембраной, поэтому генофор иногда называют диффузным ядром;
• отсутствие внутриплазматических органелл, окруженных элементарной мембраной, что маскирует их разнообразие;
• рибосомы малого размера рассеяны в цитоплазме, а не расположены на поверхности мембран, как у эукариот.
У эукариот ядро имеет собственную ядерную мембрану, поэтому его называют дифференцированным. Помимо этого имеются признаки, характерные для многих, но не для всех прокариот.
В состав клеточных стенок прокариот входит пептидогликан (муреин или мукопептид). Наличие пептидогликана не является особенностью всех прокариот, его нет у лишенных клеточной стенки микоплазм.
Характерными органами движения (плавания) служат жгутики, которые встречаются у бактерий определенных видов. Среди прокариот много обязательных анаэробов, среди эукариот их почти нет.
В отличие от эукариот некоторые бактерии способны к фиксации (окислению) атмосферного азота.
В то же время нет никаких данных о существовании у прокариот эндоцитоза (способности захватывать частицы в пищевые вакуоли в качестве добычи), весьма характерного для эукариотических клеток.
Предложено выделить на высшем уровне прокариоты (доядерные микроорганизмы) в отдельное царство Procariotae наряду с царствами растений и животных.