В возникновении функциональных желудочно-кишечных расстройств (ФЖКР) основное значение придается генетической предрасположенности, психосоциальным факторам, нарушениям моторно-эвакуаторной функции, висцеральной гиперсенситивности и воспалению. В последние годы стало укрепляться положение, отражающее точку зрения о первичности структурных изменений, а не функциональных. Во вводной главе Римского консенсуса III отмечено, что диагностика функциональной патологии осуществляется при отсутствии структурной патологии, которая могла бы объяснить имеющиеся у пациента симптомы. Далее написана примечательная фраза: «В последние годы, однако, гистологические находки показали, что различия между "функциональными" и "органическими" изменениями стали размытыми». Для ФД сложность отношения к этой проблеме заключается в том, что хронический гастрит – морфологическое изменение слизистой оболочки желудка, но выявление этой патологии не противоречит диагнозу функционального расстройства желудка. В то же время понятие функциональной патологии по определению предполагает отсутствие органических изменений. В соответствии с позицией экспертов консенсуса, наличие инфекции Helicobacter pylori (H. pylori) и хронического гастрита не исключает ФД.