Количество вируса в организме обычно бывает максимальным в первые несколько дней после заражения. К моменту появления первых симптомов у больного нередко бывает уже слишком поздно выделять вирус, вызвавший заражение. У некоторых людей, однако, может наблюдаться длительное выделение вируса. Поэтому целесообразно пытаться выделять его у больных с подозрением на вирусную этиологию заболевания. Однако если вирус не найден, то это не исключает вероятности вирусной инфекции.
Выделение вируса у новорожденных с подозрением на врожденную инфекцию следует проводить как можно быстрее после рождения, чтобы не спутать случаи с неонатальной инфекцией или инфекцией более позднего детского возраста.
Для правильной диагностики инфекционного процесса очень важно производить правильный забор материала. При подозрении на вирусную инфекцию пораженные органы не всегда являются теми участками организма, в которых легче всего выделить вирус. Мазки из носа и мокрота обычно непригодны для выделения вируса. Моча также в ограниченной степени пригодна для этих целей, однако она является предпочительной пробой при исследовании на цитомегаловирусную инфекцию (ЦМВ). При вирусных заболеваниях, вызывающих образование везикулярной сыпи, для выделения вируса необходимо брать мазок содержимого везикул.