Эндоцервициту сопутствуют псевдоэрозии шейки матки, эктропион, кольпит, эндометрит, сальпингит. Длительность течения заболевания связана с проникновением микробов в ветвящиеся железы (крипты, каналы) слизистой оболочки канала шейки матки, чему способствуют травмы шейки во время родов, абортов, диагностического выскабливания матки.
Гистологически выявляются: гиперемия слизистой оболочки, её отёчность; слущивание поверхностного эпителия, образование инфильтратов в подэпителиальном слое и строме. Инфильтраты состоят из сегментоядерных лейкоцитов, лимфоцитов, плазмоцитов. Могут образовываться перигландулярные абсцессы. В хронической стадии гиперемия, отёчность выражены слабее, происходит регенерация участков слизистой оболочки в местах отторжения покровного эпителия, при которой может произойти метаплазия эпителия, частичное замещение цилиндрического эпителия плоским.